基于生物信息学分析探究SLC12A4基因表达对肺鳞状细胞癌的影响
胡云龙1
张树柳2
于傲然3
杨凯锐2
1.解放军联勤保障部队第九六六医院急诊与重症医学科,辽宁 丹东 1180002.解放军联勤保障部队第九六〇医院重症医学科,山东 济南 2500003.解放军联勤保障部队第九六六医院呼吸科,辽宁 丹东 118000
摘要：目的 探讨溶质载体家族12成员4(SLC12A4)在肺鳞状细胞癌(LUSC)中的表达情况、生物信息学功能及临床意义.方法 在加州大学圣克鲁兹分校Xena在线数据库癌症基因组图谱-LUSC数据集中下载551个样本SLC12A4的mRNA表达、甲基化和临床病理数据,其中49个正常样本和501个LUSC样本含有SLC12A4表达数据,49对配对表达数据(正常肺组织vs LUSC组织);378个样本同时包含有SLC12A4甲基化数据和表达量数据,40对配对甲基化数据.501个LUSC样本根据是否高于SLC12A4表达量的中位数分为SLC12A4高表达组(251例)和SLC12A4低表达组(250例).比较SLC12A4在正常肺组织和LUSC组织中表达、甲基化差异,分析SLC12A4表达与甲基化、临床病理特征的相关性.利用仙桃学术在线工具,在癌症基因组图谱-LUSC数据集中进行SLC12A4共表达基因的富集分析、Kaplan-Meier生存曲线分析以及时间依赖性ROC曲线分析,并对分析结果进行可视化处理.结果 在LUSC组织中,SLC12A4表达较正常肺组织显著下调(P<0.01),cg08958168、cg05261851、cg26912222、cg09086087位点的甲基化β值均显著高于正常肺组织(P<0.01),且与SLC12A4表达呈负相关(P<0.01).SLC12A4共表达基因的富集分析显示,SLC12A4可能参与调节磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B信号通路.病理学N分期为N0期患者SLC12A4低表达比例低于N1/N2/N3期(46.1%vs 58.0%,P<0.05).Kaplan-Meier生存曲线、时间依赖性ROC曲线分析显示,SLC12A4高表达与LUSC患者预后不良密切相关.结论 SLC12A4在LUSC组织中表达下调,且其表达可能受到表观遗传调控.SLC12A4可能通过调节磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B信号通路影响LUSC的进程,从而影响LUSC患者的预后.SLC12A4有望成为LUSC诊断、预后和治疗的生物标志物.
关键词：肺鳞状细胞癌溶质载体家族12成员4甲基化预后价值基因富集分析
论文发表日期：2025-10-20
在线出版日期：2025-10-28（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：7( 174-180 )
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