青海省鼠疫菌单核苷酸多态性分析
何建
靳娟
李胜
柏吉祥
金泳
张丽
杨晓艳
辛有全
青海省地方病预防控制所鼠疫菌专业实验室,青海 西宁 810021
摘要：目的 探讨青海省鼠疫自然疫源地鼠疫菌单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)的基因型及其地区分布.方法 选取青海省地方病预防控制所保存的1954-2020年在不同地区宿主、媒介体内分离的250株鼠疫菌作为实验菌株,采用传统的苯酚-氯仿混合抽提法提取鼠疫菌DNA.使用Illumina HiSeq 2000平台对250株鼠疫菌进行全基因测序,根据文献中鼠疫菌全基因组SNPs分析方法,基于133株国内外鼠疫菌株及假结核耶尔森菌IP32953,比对2 298个SNP位点,用MEGA 6.0软件对250株青海省鼠疫菌以及32株参考菌株构建系统发育关系.结果 青海省250株鼠疫菌分布于8个市(州),31个县(区).其中海西州共66株,海北州共70株,海南州共28株,玉树州共62株,黄南州、果洛州、西宁市、海东市共24株.基于2 298个SNPs位点的聚类结果显示,青海省250株鼠疫菌分布在5个亚分支中,分别为0.PE分支6株(2.0％),1.IN 分支 235 株(94.0％),2.ANT 分支 4 株(1.6％),2.MED 分支 1 株(0.4％),3.ANT 分支 4 株(1.6％).结论 青海省鼠疫自然疫源地鼠疫菌SNP基因型具有高度多样性,地区分布特征明显.
关键词：鼠疫菌单核苷酸多态性(SNP)SNP基因分型青海省
分类号：R378.6+1(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)
资助基金：国家自然科学基金(82260401)
论文发表日期：2025-02-19
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：4( 103-106 )
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