核酸共提取试剂更换对甲醛固定石蜡包埋组织DNA/RNA共检二代测序效能的影响分析
赵盼盼
许洁
黄建江
南方医科大学附属广东省人民医院/广东省医学科学院病理科 广州 510010
摘要：目的 探讨更换核酸共提取试剂对甲醛固定石蜡包埋组织(FFPE)DNA与RNA共检二代测序(NGS)结果的影响.方法 收集2023年8月至2024年5月广东省人民医院病理科FFPE样本,针对DNA与RNA共检的NGS检测结果,筛选病例9例.将样本蜡块切片后,分为2组,分别采用实验室原有的手工提取试剂盒和新引进的自动化提取试剂盒提取核酸(DNA/RNA共提).对提取的核酸进行DNA与RNA共检的NGS文库构建及测序,并对测序数据进行生物信息学分析.挑选检出结果存在差异的病例进行重复实验验证.结果 使用两种提取试剂盒从9例病例中提取的DNA和RNA均满足NGS文库构建标准.在变异检测方面,手工提取组的突变检出结果与既往病理科检测结果一致,更换提取试剂的自动化提取组检出的融合突变结果与手工提取组一致,但在单核苷酸变异(SNV)、插入/缺失(INDEL)、拷贝数变异(CNV)突变检测方面,手工提取组与自动化提取组检出的结果存在差异.重复实验结果验证了提取试剂的改变会导致检出假阳性突变及CNV判定差异.结论 更换核酸共提取试剂会对FFPE样本DNA/RNA共检NGS检测结果,特别是CNV和INDEL方面产生影响,在临床检测中,提取试剂的更新替换等与实验相关的流程改变时,需使用既往检测样本对更换的试剂进行性能验证.
关键词：核酸共提取甲醛固定石蜡包埋组织二代测序DNA测序RNA测序
分类号：R361.2(病理学)
资助基金：广东省医学科学技术研究基金项目(B2024058)
论文发表日期：2025-09-28
在线出版日期：2025-11-13（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：5( 1202-1206 )
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