R语言下食管鳞状细胞癌关键驱动基因富集分析的生物信息学研究
王子明
李新阳
姚歌
王钰鲲
王新帅
原翔
张广平
1.河南科技大学临床医学院,河南科技大学第一附属医院,河南洛阳4710032.河南科技大学临床医学院,河南科技大学第一附属医院,河南洛阳4710033.河南科技大学临床医学院,河南科技大学第一附属医院,河南洛阳4710034.河南科技大学临床医学院,河南科技大学第一附属医院,河南洛阳4710035.河南科技大学临床医学院,河南科技大学第一附属医院,河南洛阳4710036.河南科技大学临床医学院,河南科技大学第一附属医院,河南洛阳4710037.河南科技大学临床医学院,河南科技大学第一附属医院,河南洛阳471003
摘要：目的 本研究利用食管鳞状细胞癌(ESCC)相关微表达矩阵芯片数据,筛选出与ESCC发生、发展显著相关的关键通路及关键基因,并对关键基因所在的功能模块进行GO和KEGG富集分析、蛋白-蛋白相互作用分析以及关键基因在ESCC患者中的生存分析.方法 从GEO数据库获得了GSE38129微表达矩阵芯片数据,利用R语言及其相关的软件包进行数据处理和差异表达分析,所有差异表达基因选取“FDR＜0.05及logFC≥2或log2FC≤-2”为阈值.结果 本研究筛选出51个上调基因和81个下调基因进行GO和KEGG富集分析,并将筛选出来的关键基因进行生存预后分析,表明PBK、VCAN、DLGAP5、ADAT2、TOP2A与ESCC生存期相关.结论 利用生物信息学方法筛选出ESCC发生、发展过程中的关键基因和信号通路,为ESCC的诊疗提供潜在的候选靶点.
关键词：食管鳞癌差异表达基因关键基因富集分析PPI生存分析
分类号：R735.1(消化系肿瘤)
论文发表日期：2020-03-30
在线出版日期：2026-09-12（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：8( 55-62 )
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