整合法预测HBV相关抗原的HLA-A*0201限制性结合肽
王书峰
尚小云
巩沅鑫
吴玉章
1.第三军医大学全军免疫学研究所2.第三军医大学全军免疫学研究所3.第三军医大学全军免疫学研究所4.第三军医大学全军免疫学研究所
摘要：目的 预测HBV的相关抗原HBsAg、HBcAg、DNA polymerase新的HLA-A*0201限制性结合肽.方法 选取SYFPEITHI、BIMAS、SVMHC、IEDB、EpiJen预测工具以及整合法预测抗原对应蛋白序列P03146,P03138,P03156的HLA-A*0201限制性结合肽,并与现有表位数据库中的结合肽比较.结果 整合法与单个预测算法相比提高了预测的灵敏度和特异性,对3种抗原的预测准确性均有提高,MR(misclassification rate)值分别降为1.14%、3.41%、1.46%;利用此方法发现3种抗原尚未得到实验验证的HLA-A*0201结合肽,分别为,HBcAg:ELMTLATWV(64-72)、LMTLATWVGV(65-74);HBsAg:LMT-LATWVGV(246-254)、IIFLFILLL(244-252)、FLFILLLCU(246-255)、SLYSILSPFL(367-375)以及LLCLIFLLvL(251-260);DNA polymerase:SLFTAVTNFL(513-522)、GLLGFAAPFT(554-563);在HBsAg蛋白序列中发现了31个氨基酸的免疫热点区域FIIFLFILLLCLIFLLVLLDYQGMLPVCPLI(243-273).结论 整合法比单个预测算法性能更好,能够更准确地预测抗原的HLA限制性结合肽,采用该方法所发现的9条可能表位和1个免疫热点区域为后续HBV新表位的鉴定及其功能研究提供了有价值的线索.
关键词：MHCHLA-A*0201预测算法整合法结合肽
分类号：R392(医学免疫学)
资助基金：国家自然科学基金(30800645)
论文发表日期：2009-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：4( 465-468 )
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