特发性肺纤维化和炎症性肠病共同核心基因特征及其生物学机制的鉴定
娄娇娇
王浩冉
黄凤祥
王焕勤
康燕
王起龙
马开
乔瑞萍
苗丽君
郑州大学第一附属医院呼吸与危重症医学科,河南郑州 450052
摘要：目的 基于生物信息学研究介导特发性肺纤维化(IPF)和炎症性肠病(IBD)共存的潜在关键分子和通路.方法 通过美国国家生物技术信息中心(NCBI)基因表达综合数据库(GEO)下载IPF(GSE110147)和IBD(GSE752141)数据集.使用R的"limma"包分析差异表达基因(DEGs).对DEGs进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析.利用STRING数据库和Cytoscape软件进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络构建、模块构建和核心基因鉴定.在IPF的GSE53845和IBD的GSE59071数据中对核心基因进行验证.基于NetworkAnalyst Web平台,构建转录因子(TFs)-核心基因与TFs-微小核糖核酸(miRNAs)的相互作用网络.结果 筛选出67个上调基因和23个下调基因进行后续分析.利用CytoHubba和MCODE插件鉴定出6个重要的枢纽基因,包括SPP1、COL1A1、POSTN、MMP7、COL3A1和COL6A3.在TFs基因相互作用网络中,SPP1与其他TFs的相互作用率最高.HINFP、POU2F2、YY1、FOXL1和FOXC1协同参与 SPP1 的调控.另一方面,在 TFs-miRNAs 共调控网络中的 miRNAs,hsa-miR-301b、hsa-miR301a、hsa-miR-29c、hsa-miR-29b和hsa-miR-29a在3个地方表现出最高的程度,并且都靶向COL6A3.结论 这项生物信息学研究揭示了 IPF和IBD的共同发病机制,表明IPF和IBD是相似的,这可以为进一步的研究提供新的思路.
关键词：特发性肺纤维化炎症性肠病核心基因转录因子微小核糖核酸
分类号：R563(呼吸系及胸部疾病)
论文发表日期：2024-03-15
在线出版日期：2026-09-12（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：8( 772-779 )
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