基于生物信息学分析揭示circRNA-miRNA-mRNA调控网络在胃癌中的作用
王艳君1
许鑫鑫2
鲁意迅2
王风1
王洁1
1.郑州大学附属儿童医院/河南省儿童医院 外科重症监护室,河南 郑州 4500002.中国人民解放军总医院第一医学中心 普通外科,北京 100853
摘要：目的 通过生物信息分析识别胃癌中差异表达的环状RNA(DE circRNA),并揭示circRNA-miRNA-mRNA调控网络在胃癌中的作用.方法 选取GEO数据库中3个胃癌circRNA表达数据集,使用R软件中的Limma包来识别胃癌中的DE circRNA.对每个数据集筛选出的circRNA取交集后获得候选circRNA.使用生物信息学数据库预测circRNA下游的miRNA及mRNA,并通过生物信息学方法构建circRNA-miRNA-mRNA调控网络.使用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析,核心基因由STRING和Cytoscape数据库确定,建立circRNA-miRNA-核心基因调控网络.结果 本研究共鉴定2个DE circRNA、7个miRNA和1695个潜在靶基因.GO和KEGG富集分析表明,目标mRNA主要涉及癌症相关的通路和生物过程.本研究确定了10个核心基因(CTNNB1、MAPK1、KRAS、APP、FN1、CDH1、CASP3、BTRC、UBA52、CREB1).生存分析进一步表明,10个核心基因中有8个与胃癌患者的总生存期(OS)相关.基于2个circRNA、7个miRNA和10个核心基因建立了circRNA-miRNA-核心基因调控网络.结论 本研究鉴定的DE circRNA及构建的竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络可能为胃癌的诊断提供新的生物标志物或潜在的治疗靶点.
关键词：胃癌环状RNA竞争性内源RNA生物信息学
分类号：R735.2(消化系肿瘤)
资助基金：河南省医学科技攻关计划联合共建项目(LHGJ20190976)
论文发表日期：2022-06-15
在线出版日期：2026-09-12（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：5( 1921-1925 )
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