基于TCGA分析ABRACL在食管癌组织中的表达及机制
曹莎莎1
段丽娟1
周福有2
1.安阳市肿瘤医院/河南科技大学第四附属医院 中心实验室,河南 安阳 4550002.安阳市肿瘤医院/河南科技大学第四附属医院 胸外科,河南 安阳 455000
摘要：目的 对TCGA数据库进行挖掘,探索ABRACL在食管癌中的表达、对预后的影响及机制.方法 从TCGA和GEO数据库提取正常及食管癌组织中的ABRACL mRNA表达和临床病理数据,采用Kaplan-Meier法分析ABRACL表达水平与生存期的关系,运用Cox模型分析影响患者预后的危险因素,采用GSEA软件分析ABRACL高表达所富集的信号通路.采用Targetscan、miRDB、miRMap和miTarBase 4种软件分析调控ABRACL表达的上游miRNA,同时分析ABRACL基因拷贝数变异与其表达情况.运用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测并比较22对食管鳞癌组织和对应癌旁组织中ABRACL的表达水平.结果 TCGA数据库和GSE100942_GPL570中ABRACL mRNA在食管癌中的表达水平高于正常食管组织(P<0.05),GSE75241_GPL5175和GSE92396_GPL6244中二者表达差异无统计学意义(P>0.05).RT-qPCR结果 显示食管鳞癌组织中ABRACL相对表达量高于癌旁正常组织(P<0.05).TCGA数据库中ABRACL高表达患者的总生存期短于低表达患者(P<0.05).单因素Cox回归分析显示N分期、M分期、淋巴结数目和ABRACL均可以作为食管癌潜在的预后因素.ABRACL高表达食管癌样本富集到三羧酸循环呼吸电子传送通路、剪接体通路、呼吸电子传送、mRNA剪切、PCP蛋白不对称定位、前复制混合物组装通路等相关基因集.4种软件分析出来的调控ABRACL表达的miRNA交集有3个,分别是hsa-miR-1200、hsa-miR-145-5 p和hsa-miR-4324.基因拷贝数变异分析结果 显示其在杂合状态下表达量最低.结论 ABRACL在食管癌组织中高表达,ABRACL的表达量可以作为判断食管癌预后的标志物.三羧酸循环呼吸电子传送通路、剪接体通路、呼吸电子传送通路可能是食管癌中ABRACL调控的关键通路.ABRACL表达可能受上游hsa-miR-1200、hsa-miR-145-5 p和hsa-miR-4324调控.ABRACL在杂合状态下表达量最低.
关键词：食管癌ABRACLTCGA数据库预后基因拷贝数变异
分类号：R735.1(消化系肿瘤)
论文发表日期：2021-12-05
在线出版日期：2026-09-12（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：5( 6340-6344 )
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