甜瓜TCP基因家族全基因组的鉴定与表达分析
李海伦1
高宁宁2
郭姚淼3
孙东玲3
王月玲3
谢夔熙3
李鹏飞3
段世享3
赵卫星2
杨森3
1.河南省农业科学院 园艺研究所,河南 郑州 450002;河南农业大学 园艺学院,河南 郑州 4500022.河南省农业科学院 园艺研究所,河南 郑州 4500023.河南农业大学 园艺学院,河南 郑州 450002
摘要：TCP基因家族是植物体内特有的、与植物生长发育的不同阶段密切相关的一类转录因子,在甜瓜中的研究鲜见报道.利用生物信息学方法对甜瓜TCP基因家族成员进行鉴定,并对其理化性质、亚细胞定位、系统进化、染色体定位、基因结构、保守基序、顺式元件、miRNA及基因表达模式进行分析.结果表明,鉴定出29个含有TCP结构域的TCP基因家族成员,不均等地分布在9条染色体上.甜瓜TCP转录因子家族蛋白的氨基酸数在61～600 aa,分子质量在7 115.16～65 469.20 u,理论等电点在5.62～10.06.亚细胞定位预测分析表明,28个TCP蛋白定位在细胞核.根据系统发育分析可将家族成员划分为ClassⅠ和ClassⅡ2个亚家族,进一步细分为PCF、CYC/TB1、CIN 3个亚组.CmTCP基因结构都比较简单,均含有1或2个外显子,极少数基因含有内含子,29个基因都含有Motif 1,不同亚组成员含有的Motif存在差异.顺式元件预测分析显示,甜瓜TCP基因家族启动子序列以光响应、激素响应、生长发育调控等相关元件为主.miRNA预测分析得出25个miRNA与13个CmTCP基因相互作用.甜瓜基因组数据库RNA-Seq分析显示,26个CmTCP基因在甜瓜组织中既有明确的组织分工表达,又有特定的组织部位表达;qRT-PCR结果表明,CmTCP-CYC/TB1基因成员在甜瓜不同组织中的相对表达量差异显著.
关键词：甜瓜TCP基因家族生物信息学分析全基因组鉴定表达分析
分类号：S651(瓜果园艺)
资助基金：国家自然科学基金(32172574)河南省高校科技创新人才支持计划项目(23HASTIT034)河南省优秀青年科学基金项目(222300420050)河南省科技攻关项目(212102110397)现代农业产业技术体系(CARS-25)河南省西甜瓜产业技术体系建设项目(HARS-22-10-G1)
论文发表日期：2025-09-15
在线出版日期：2026-09-12（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：14( 127-140 )
英文信息