全州禾花鲤皮肤转录组特征分析
许艺兰1
文露婷2
黄姻2
陈忠2
覃俊奇2
潘贤辉2
周康奇2
林勇2
邓潜2
武霞2
杜雪松2
1.广西壮族自治区水产科学研究院 广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室,广西 南宁 530021;广西壮族自治区兽医研究所 广西兽医生物技术重点实验室,广西 南宁 5300012.广西壮族自治区水产科学研究院 广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室,广西 南宁 530021
摘要：为探究全州禾花鲤乌褐色、半透明的经济体色性状,发掘全州禾花鲤的皮肤基因信息,以全州禾花鲤的皮肤组织为研究对象,利用高通量测序技术进行转录组比较分析.结果显示,全州禾花鲤和建鲤(对照)的皮肤组织转录组测序获得37066778～58708166条clean reads,Q30在94.96%以上,GC碱基比例在51.00%左右;发现新基因10537个,检测出单核苷酸多态性(SNP)位点1278906个、插入缺失(InDel)位点80238个.筛选显著差异基因11717个,其中上调基因5133个,下调基因6584个.GO注释到56个二级分类,显著富集的GO条目127个,主要集中在生物学过程和细胞组分;KEGG分析获得显著富集通路60个;网络分析结果显示,以代谢途径(Metabolic pathways)、p53信号通路(p53 signaling pathway)和细胞周期(Cell cycle)通路作为网络核心,与众多KEGG通路关联且相对独立.
关键词：全州禾花鲤皮肤体色转录组
分类号：S917.4(水产基础科学)
资助基金：广西自然科学基金项目(2020GXNSFBA297146)国家自然科学基金(31960730)广西特色淡水鱼产业创新团队项目(nycytxgxcxtd-2021-08)
论文发表日期：2023-06-15
在线出版日期：2026-09-12（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：10( 150-159 )
英文信息