莴苣线粒体基因组密码子使用偏好性分析
张扬1
孙曙光2
李晴3
魏珍3
1.河南省农业科学院,河南郑州4500022.河南省作物分子育种研究院,河南郑州4500023.郑州大学生命科学学院,河南郑州450001
摘要：为了分析栽培莴苣Lactuca sativa'Salinas'和野生莴苣Lactuca saligna的线粒体基因组密码子使用特征差异,对2种莴苣的线粒体基因组编码序列进行密码子使用偏好性研究,比较其密码子偏好性形成的影响因素和演化过程.结果表明:栽培莴苣和野生莴苣线粒体编码基因的总GC含量分别为43.43％和42.54％,富含A/T碱基.2种莴苣的有效密码子数(ENC)都在36.61～61.00,密码子偏好性较弱.中性绘图分析表明,2种莴苣线粒体编码基因的第1、2位和第3位碱基GC含量较为保守,选择是影响2种莴苣线粒体基因密码子使用偏好性的主要因素.PR2-plot分析表明,2种莴苣线粒体基因第3位碱基更偏好使用嘧啶碱基.ENC-plot分析结果显示,2种莴苣的线粒体基因密码子偏好性主要受到选择压力影响.对2种莴苣的相对同义密码子使用度(RSCU)分析表明,栽培莴苣和野生莴苣分别有28个和29个高频密码子,除亮氨酸外,2种莴苣的高频密码子均以A/U结尾.2种莴苣线粒体编码基因的密码子使用偏好性总体上较接近,但最优密码子存在较大差异.这种差异可能是因为2种莴苣的低表达基因库差异造成的,也可能与选择压力及人工育种对栽培莴苣线粒体基因组进化的影响有关.
关键词：莴苣线粒体基因组密码子偏好性有效密码子数最优密码子
分类号：S636.2(蔬菜园艺)
资助基金：国家自然科学基金(31700175)河南省重点研发专项(221111110800)郑州大学青年教师基础研究培育基金(JC21343014)
论文发表日期：2022-10-15
在线出版日期：2026-09-12（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：11( 114-124 )
英文信息