石榴ZF-HD基因家族鉴定与分析
付鸿博
李杰
杨永超
袁盛勇
红河学院生物科学与农学学院,云南省高校滇南特色生物资源研究与利用重点实验室,云南蒙自661199
摘要：通过对石榴(Punica granatum)全基因组的研究,鉴定了 ZF-HD基因家族,以深入了解其基因功能.基于系统的生物信息学分析,共鉴定15个PgZF-HD基因,编码蛋白质的氨基酸数量在98～365个,PgZF-HD03和PgZF-HD04为酸性蛋白质,其余的家族成员均为碱性蛋白质,所有家族成员均为不稳定的亲水性蛋白质,超过70％的蛋白质定位在细胞核上.二级结构中,β-折叠所占比例最低,无规则卷曲所占比例最高.系统进化树分析将15个PgZF-HD基因分成5类,分别为ZF-HD Ⅰ、ZF-HDⅡ、ZF-HD Ⅲ、ZF-HD V和MIF,ZF-HD Ⅲ类别中包含了最多的PgZF-HD成员,没有PgZF-HD基因被归到ZF-HDⅣ类别中.基因结构和保守基序分析发现,motif2和motif4高度保守且均含有多个高度保守的活性位点,ZF-HD Ⅱ类别中motif数量最多,motif8只在ZF-HD Ⅰ类别的基因中被鉴定到.大部分PgZF-HD基因只有1个外显子,基因结构简单,同一类别的基因具有相似的保守基序和基因结构.染色体定位和基因复制分析发现,15个PgZF-HD基因不均匀地分布在石榴的8条染色体上,鉴定到3对基因存在大片段复制事件,不存在串联重复事件.启动子分析表明,PgZF-HD基因在植物激素响应、生长发育和逆境胁迫响应等方面均发挥重要作用.
关键词：石榴ZF-HD生物信息学启动子分析基因复制事件
分类号：S665.4(果树园艺)
资助基金：技术带头人后备人才项目(2021HB075)红河学院科研基金(XJ17B07)
论文发表日期：2022-06-15
在线出版日期：2026-09-12（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：7( 119-125 )
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