山东小毛驴全基因组选择信号检测
陈建兴1
童家兴2
张孝忠3
张向阳4
王宇鑫5
孙玉江6
1.赤峰学院化学与生命科学学院,内蒙古赤峰 024000;青岛农业大学动物科技学院,山东青岛 2661092.赤峰学院化学与生命科学学院,内蒙古赤峰 0240003.青岛农业大学动物科技学院,山东青岛 2661094.内蒙古东阿黑毛驴牧业有限公司,内蒙古赤峰 0243285.东阿阿胶股份有限公司,山东聊城 2522006.青岛农业大学动物科技学院,山东青岛 266109;东营职业学院,山东东营 257091
摘要：为研究不同驴品种间的群体分化程度,检测全基因组选择信号,以挖掘山东小毛驴(SDL)重要性状相关的候选基因,基于山东小毛驴和德州驴的三粉类群(DZS)、德州驴的乌头类群(DZW)、广灵驴(GL)以及华北驴(NC)等5个驴群体共计60个个体全基因组重测序数据,利用群体遗传分化系数(Fst)和核苷酸多样性比值(πratio)方法检测山东小毛驴与其他驴群体间的选择信号,共找到39个落入选择信号区域的候选基因.与DZS群体相比,检测出强选择信号候选基因5个,分别是Fsip1、AHNAK2、CTAGE2、CYP3A12、LOC106830441;与DZW群体相比,检测出强选择信号候选基因5个,分别是NKG2DL1、KLK1E2、CTAGE2、FAM170A、LOC106823932;与GL群体相比,检测出强选择信号候选基因6个,分别是NKG2DL1、AHNAK2、CTAGE2、FAM170A、LOC106823932、LOC106848008;与NC群体相比,检测出强选择信号候选基因2个,分别是CTAGE2、FAM170A.这些候选基因主要在免疫、生殖、细胞作用等通路中发挥重要的作用,说明山东小毛驴在免疫力和生殖能力等性状上经历了人工选择.
关键词：山东小毛驴基因组重测序选择信号候选基因遗传分化系数
分类号：S822(家畜)
资助基金：山东省农业良种工程重大项目(2013lz016)山东省农业良种工程重大项目(2017LZGC020)山东省农业良种工程重大项目(2017LZN022)山东省现代农业产业技术体系驴创新团队建设专项(SDAIT-27)山东省重点区域引进急需人才项目(2019-58)山东省农业重大应用技术创新项目(SD2019XM008)国家科技重大专项(S190503110001-lcy)内蒙古自治区科技厅关键技术攻关计划项目(2019GG381)
论文发表日期：2021-02-15
在线出版日期：2026-09-12（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：6( 145-150 )
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