基于RNA-seq技术的奥利亚罗非鱼转录组SSR位点信息分析
周康奇1
潘贤辉1
黄姻1
覃俊奇1
徐俊龙2
杜雪松1
文露婷1
陈忠1
潘志忠1
邓潜1
林勇1
1.广西壮族自治区水产科学研究院 / 广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室 / 广西水产良种南繁基地,广西 南宁 5300212.广西钦州农业学校,广西 钦州 535000
摘要：为了开发奥利亚罗非鱼有关耐盐性的分子标记,采用二代测序RNA-seq方法,挖掘奥利亚罗非鱼的微卫星标记.结果显示,拼接组装获得了71009条Unigenes,并在所有序列中共发现了10875个SSR位点,含有位点序列的数量为8315条,占总序列的11.71％.奥利亚罗非鱼转录组中SSR位点类型较为丰富,共识别到5种不同核苷酸重复类型和126种不同重复基序.其中,二核苷酸串联重复单元类型的含量最多(5779个),占总位点数的53.14％;而在二核苷酸重复类型中AC/GT基序类型出现频率最高(3954个,占36.36％).此外,SSR位点以6次重复次数为主(3048个),占总位点数的27.77％;SSR位点序列长度分布于12～254 bp,其中具有高度多态性位点3480个(占比29.14％),中等多态性位点8462个(占比70.86％).
关键词：奥利亚罗非鱼转录组多态性SSR位点信息RNA-seq
分类号：S917.4(水产基础科学)
资助基金：广西创新驱动发展专项(AA17204080-5)
论文发表日期：2020-11-15
在线出版日期：2026-09-12（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：6( 147-152 )
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