贵紫麦1号转录组EST-SSR标记发掘与应用
杨帅1
杨喜翠1
何方2
李鲁华2
李振华2
任明见2
徐如宏2
1.贵州大学农学院,贵州贵阳 5500252.贵州大学农学院,贵州贵阳 550025;国家小麦改良中心贵州分中心,贵州贵阳 550025
摘要：为了开发新的小麦分子标记,利用前期小麦品种贵紫麦1号的转录组测序结果,对所得序列进行EST-SSR(Expressed sequence tags-simple sequence repeat)标记开发,并对开发的标记进行了染色体定位、多态性筛选.结果表明,在119572条总Unigenes序列中得到8749条含SSR位点的EST序列,占7.3％,平均每8.04 kb就会出现1个SSR;EST序列中SSR类型的分布特点为三核苷酸重复类型最多,而五、六核苷酸重复类型出现频次很少,单核苷酸重复以A/T出现频次最多,二核苷酸重复以AG/CT出现频次最多,三核苷酸重复以CCG/CGG出现频次最多;对含SSR位点的EST序列进行引物设计,成功设计出引物的序列有5503条,占总EST序列的62.9％,从中筛选到341对有效性EST-SSR引物;以中国春为对照,利用16份中国春缺体-四体系材料对341对EST-SSR引物进行染色体定位,共定位153对引物、201个位点,涉及除3A、5A、3B、4B及1D外的16条染色体,其中5B染色体定位引物对最多,达23对;筛选出53对多态性EST-SSR引物,对52份小麦材料进行遗传多样性分析发现,其中18对EST-SSR引物可将52份小麦材料一一区分.
关键词：紫色小麦EST-SSR多态性筛选标记开发染色体定位遗传多样性
分类号：S512(禾谷类作物)
资助基金：国家自然科学基金(31660390)国家重点研发计划(2017YFD0100900)
论文发表日期：2020-05-15
在线出版日期：2026-09-12（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：16( 15-30 )
英文信息