猪miR-149靶基因预测及生物信息学分析
张家庆1
武松霞2
任巧玲1
王献伟3
陈俊峰1
王璟1
白献晓1
邢宝松1
1.河南省农业科学院 畜牧兽医研究所,河南 郑州,4500022.河南省标准化研究院,河南 郑州,4500083.河南省畜牧总站,河南 郑州,450008
摘要：通过对猪miR-149进行靶基因预测及相关生物信息学分析,探索其影响猪颗粒细胞凋亡和卵泡闭锁的作用机制.首先利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测ssc-miR-149在氧化应激组和正常组表达量的变化,通过转染miR-149 mimic并利用MTT和qRT-PCR检测细胞活性和凋亡基因的表达情况,同时预测ssc-miR-149与细胞凋亡相关基因的靶向关系;然后利用JAS-PAR、PROMO、TargetScan、miRanda、RNAhybrid、DAVID等软件和NCBI、miRBase、Ensembl等数据库对ssc-miR-149进行转录因子结合位点预测、保守性分析、靶基因预测、GO富集分析和KEGG信号通路富集分析.结果表明,氧化应激组ssc-miR-149的表达量极显著下调;但过表达ssc-miR-149时,能极显著提高细胞活性,并抑制H2 O2诱导的凋亡相关基因(Caspase-3、PUMA和FAS)的表达;ssc-miR-149启动子区域具有SP1、p53等多个转录因子结合位点,其靶基因显著富集于TNF信号通路、Rap1信号通路和NOD样受体信号通路等.由此推测,ssc-miR-149受到SP1等多种转录因子调控,它可能通过抑制TNF、Rap1和NOD信号通路中的靶基因PUMA、Caspase-9和FAF-1来调控猪颗粒细胞的凋亡,进而影响猪的卵泡发育.
关键词：ssc-miR-149靶基因生物信息学颗粒细胞凋亡卵泡闭锁
分类号：S828(家畜)
资助基金：河南省自然科学基金(162300410161)创新基金(2018ZC53)河南省重点研发与推广专项(182102110063)
论文发表日期：2019-03-02
在线出版日期：2026-09-12（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：10( 123-131,144 )
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