串联重复序列在高粱基因组中的特征及分布
赵志新1
李春鑫2
李雨娇1
1.商洛学院 生物医药与食品工程学院,陕西 商洛,7260002.河南省农业科学院 小麦研究所 分子育种研究室,河南 郑州,450002
摘要：以高粱全基因组及基因中不同结构区域为研究对象,从Phytozome数据库中下载高粱基因组数据及基因注解数据,利用重复序列分析工具(Phobos v3.3.12),检测串联重复序列在不同区域的密度变化、模体类型及其在基因内与基因间的位置分布情况.结果表明,在高粱基因组中5′UTR、UI200、UI500中重复序列密度较高,分别为25655 bp/Mb、16761 bp/Mb、10718 bp/Mb,其余区域密度差别不大,约为6000 bp/Mb.在基因内及基因间区域中,重复序列模体主要为二碱基和三碱基重复,占到总密度的30％ 以上;特别在基因编码区(CDS),重复序列模体主要为3的倍数(如三碱基、六碱基等).并且串联重复序列在基因组中并非随机分布,在基因间隔区,串联重复序列的分布明显靠近基因,这样的分布特征可能与其基因转录调控有关;在内含子(Intron)区域,更多的重复序列分布偏向于内含子两端,这可能与内含子剪切有关.
关键词：高粱基因组串联重复序列密度分布
分类号：S514(禾谷类作物)
资助基金：商洛学院科研项目(14SKY028)
论文发表日期：2018-07-02
在线出版日期：2026-09-12（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：10( 33-42 )
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