基于RNA-seq数据的小麦条锈菌SSR标记开发
刘秀峰1
许静杨2
袁文娅1
梁丹1
时晓伟1
1.天津市农作物研究所,天津,3003812.天津市植物保护研究所,天津,300381
摘要：为开发小麦条锈菌基因组编码区内多态性高的SSR标记,应用MISA软件从4个小麦条锈菌分离物转录组测序数据中搜索SSR位点并设计相应引物.结果表明,在小麦条锈菌转录组2 941条unigenes中发现6 083个SSR位点,SSR发生频率为14.13％,平均每9.84 kb出现1个SSR位点.获得的SSR有144种重复基序,单核苷酸和三核苷酸是主要重复类型,分别占SSR总数的42.33％和39.90％.T和AAC、ATC、CAT分别是单核苷酸和三核苷酸的优势重复基序.转录组中SSR重复次数以5～12次为主,基序长度主要集中在12～ 20 bp.随机合成100对SSR引物对3个小麦条锈菌分离物基因组DNA进行PCR扩增,有87对引物可以扩增出条带.总之,这些基于转录组发掘的SSR位点出现频率高、类型丰富,在小麦条锈菌群体遗传结构研究、分子标记开发等方面具有一定的应用潜力.
关键词：小麦条锈菌转录组SSR遗传多样性
分类号：S435.121(病虫害及其防治)
资助基金：天津市应用基础与前沿技术研究计划(15JCYBJC30800)
论文发表日期：2018-01-01
在线出版日期：2026-09-12（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：5( 54-58 )
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