铁皮石斛不同部位内生细菌群落高通量分析
陈泽斌1
李冰2
高熹3
王定斌4
靳松1
郭丽红5
1.昆明学院农学院,云南昆明,6502142.中国科学院昆明动物研究所,云南昆明,6502233.云南农业大学植物保护学院,云南昆明,6502014.宣威市阿都乡农业综合服务中心,云南宣威,6554255.云南省高校特色生物资源开发与利用重点实验室,云南昆明,650214
摘要：为揭示铁皮石斛不同器官中内生细菌的分布规律,应用Illumina测序平台的MiSeq高通量测序仪对铁皮石斛根、茎、叶中内生细菌的16S rDNA-V4区扩增子进行测序,对测得数据进行生物信息学分析,评价物种Alpha多样性和Beta多样性.经FLASH软件对序列进行拼接,茎、叶、根样品分别获得64 851、77 499、52 157条原始序列,经Qiime软件过滤,再剔除宿主的叶绿体和线粒体序列,最终分别得到64 742、77 351、52 064条有效序列,在97％的序列相似性水平上,这些有效序列被Uparse软件划分为61、134、112个操作分类单元(OTUs).序列比对结果表明,假单胞菌属(Pseudomonas)和食酸菌属(Acidovorax)细菌在根、茎、叶中都是优势菌,瘤胃球菌属(Ruminococcus)、Faecalibacterium属、甲基杆菌属(Methylobacterium)、希瓦氏菌属(Shewanella)细菌表现出组织专一性.丰度聚类分析及主成分分析表明,根和叶中内生细菌群落结构最为相似.铁皮石斛植株内蕴含丰富的细菌资源,其分布受组织结构及成分因素影响表现出器官差异性.
关键词：铁皮石斛内生细菌多样性高通量分析
分类号：S567.239(经济作物)
资助基金：国家自然科学基金(31460491)科技厅基础研究项目(2013FD040)云南省教育厅科研项目(2014Y390)昆明学院大学生科学研究项目(XJD16081)昆明学院人才引进项目(YJL14005)国家重点实验室开放基金(GXKJ201621)云南省高校优势特色重点学科(生态学)建设项目(05000511311)
论文发表日期：2017-11-01
在线出版日期：2026-09-12（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：6( 98-102,112 )
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